สิ่งมีชีวิตในอาณาจักรโปรติสตามีดังนี้

1. โปรติสต์ที่มีลักษณะคล้ายสัตว์ ได้แก่ สิ่งมีชีวิตในไฟลัมโปรโตซัว คือ พวกโปรโตซัวหรือที่เราเรียกว่า สัตว์เซลล์เดียว
2. โปรติสต์ที่มีลักษณะคล้ายพืช ได้แก่ สิ่งมีชีวิตที่เรียกว่า พวกสาหร่าย (algae) แบ่งออกเป็น 6 ไฟลัมคือ
2.1 ไฟลัมคลอโรไฟตา (Phylum Chlorophyta) ได้แก่ สาหร่ายสีเขียว

2.2 ไฟลัมคริสโซไฟตา (Phylum Chrysophyta) ได้แก่ สาหร่ายสีน้ำตาลแกมทอง

2.3 ไฟลัมยูกลีโนไฟตา (Phylum Euglenophyta) ได้แก่ พวกยูกลีนา (จัดอยู่ในพวกโปรโตซัวด้วย )

2.4 ไฟลัมเฟโอไฟตา (Phylum Phaeophyta) ได้แก่ พวกสาหร่ายสีน้ำตาล

2.5 ไฟลัมไพร์โรไฟตา (Phylum Pyrrophyta) ได้แก่ พวกสาหร่ายเปลวไฟ หรือไดโนแฟลกเจลเลต (dinoflagellate) จัดอยู่ในพวกโปรโตซัวด้วย

2.6 ไฟลัมโรโดไฟตา (Phylum Rhodophyta) ได้แก่ สาหร่ายสีแดง


3. โปรติสต์พวกเห็ดรา และราเมือก แบ่งออกเป็น 2 ดิวิชัน คือ
3.1 ไฟลัมยูไมโคไฟตา (Phylum Eumycophyta) ได้แก่ พวกเห็ด รา ยีสต์
3.2 ไฟลัมมิกโซไมโคไฟตา (Phylum Myxomycophata) ได้แก่ ราเมือก